县域土壤分为水稻土、潮土、盐土、沼泽土等4个土类，分布如下：
西部，即废黄河以东，沿岗河～射阳河以西地区，包括羊寨、芦蒲、板湖、陈集、新沟、郭墅、古河等镇，以及益林、东沟、罗桥等镇北部，计843平方千米，土壤母质系黄泛冲积物，以黄潮土、水稻土为主，质地沙──粘壤，PH值8.0左右，微碱性，有机质1.19％。
东北部，即沿岗河～串场河以东地区，包括三灶镇、阜城街道和沟墩镇东部，计240平方千米，土壤母质系黄泛冲积海相沉积物，质地沙～粉沙，为轻度壤质盐性土，PH值8.0，有石灰反应，有机质1.4％。
南部，即射阳河东、串场河西地区，包括沟墩镇西部，陈良镇、金沙湖管委会辖区以及公兴社区的大部分土地，计133平方千米，土壤母质系粘质湖相沉积物，为潴育型、脱潜型水稻土，质地粘重，PH值7.0左右，中性，有机质1.6％～1.7％。
西南部马家荡一带，包括东沟、益林等镇南部沿荡地区及马家荡，计223平方千米，为湖荡洼地，土壤为潜育型及渗育型水稻土，荡区终年积水为沼泽土，PH值7.0左右，中性，有机质1.6～1.7％。