阜宁县境内有大小河流100多条，加上马家荡，全县水域面积达35000多公顷。主要河流有3条：西部的废黄河、苏北灌溉总渠，流经县境中部东北部的射阳河。
废黄河 亦名黄河故道。原系淮河下游，是淮河入海通道。1194年黄河之水夺淮河下游入海（史称“黄河夺淮”），此后600多年，这条河称为黄河。1855年，黄河改道北上，此后，这条河称废黄河或黄河故道。1731年阜宁建县以后，“黄河”——“”废黄河”成为阜宁与涟水两县界河，县境段31.7公里，西南至东北走向。黄河夺淮以前几千年，从未见过淮河成灾记录。黄河夺淮以后，因黄水夹带的大量泥沙沉淀河床，淤塞河道，水患濒发，为害700年之久。中华人民共和国成立后，毛泽东主席号召“一定要把淮河修好！”1951～1952年，开挖苏北灌溉总渠，以利淮河上游泄洪、下游农田灌溉，同时，对废黄河进行切滩、固堤、护坡、建闸，提高行洪能力，消除了水患。
苏北灌溉总渠 西起洪泽湖，流经洪泽、楚州、阜宁、滨海、射阳5个县（区），至扁担港入海，全长168公里。县境段长44.7公里，其走向基本与废黄河平行。当年开挖苏北灌溉总渠时，动用盐城、扬州、南通、淮阴等4个地区。从1951年11月中旬开始，到1952年5月上旬竣工。施工前期，适值隆冬，天寒地冻，大雪纷飞，民工们艰苦奋斗。在既无机器挖土又无卡车运土的情况下，用大锹和扁担同泥、砂作战，克服重重困难，完成了土方6300万立方米，实际只用80个晴天。阜宁县参加这项工程有5.61万人次，实做工日170.93万个，完成土方301.29万立方米。苏北灌溉总渠工程之浩大，修筑之艰难，完工之迅速，在中国水利史上实属罕见。它的凿成，是勤劳勇敢的中国人民在中国共产党领导下，战胜自然的一曲豪壮的凯歌。阜宁县1953年以来，先后在总渠南堤建11座涵洞，北堤建一座涵洞，以解决县境废黄河到射阳河之间的农田灌溉。1999年，对9座涵洞进行加固改造。2010年，苏北灌溉总渠实灌面积4.3万公顷，占全县耕地总面积54％。
射阳河 古称射阳湖，是一条历史悠久的自然河道。上游起自宝应县射阳镇，下游至射阳县注入黄海。县境段呈西南至东北走向，蜿蜒于县域中部和东北部，长75公里。县境流域汇集潮河、海陵河、薛梨大沟、南北恒河、杨集河、马泥沟、潮沟河、生产河、淤深河、马河、小中河、大沙河、川里河、驿马河、沿岗河、阜坎河等。县境射阳河河口宽度一般为120～200米。流域面积约1200多平方公里，占全县总面积的83％，是灌溉、排涝行洪、水路运输的主动脉。